En los inicios del Puerto San José en 1852, sólo podía transitar un barco y debía quedarse a dos kilómetros de la costa.
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Un muelle fabricado con piedras y tablas y una pequeña cabaña de madera, era el paisaje que observaban los marineros cuando llegaban a las costas de Guatemala por el Puerto San José.
Los inicios del Puerto datan de 1852 cuando el Gobierno emitió un Decreto el 12 de marzo en donde señala que el Puerto de Iztapam, ubicado en el mar del sur, sería trasladado hacia "El Zapote" y desde ese momento sería llamado "Puerto de San José de Guatemala".
En el mismo Decreto 62, se ordenó la construcción de almacenes y oficinas que permitieran la comunicación segura, las cuales debían de tener sin retraso ni excusas, agua potable.
Sin embargo, la construcción se apresuró, debido a que en octubre de ese mismo año un fuerte huracán azotó el Puerto de Iztapa, destruyendo todo a su paso, así que en noviembre, el comandante Luis Ávila inició con la construcción.
Incluso, el 5 de noviembre, el Gobierno ordenó apresurar los trabajos de construcción, pues las actividades del Puerto San José de Guatemala debían de quedar instaladas y listas para empezar a funcionar el 1 de enero de 1853.
Pese a la orden decretada, no fue hasta en julio de 1953 cuando quedó instalada la primera Casa-Almacén y tres meses después, el 14 de octubre, se recibió la primera embarcación, llamada "Tres Amigos", un barco costarricense que inauguró el Puerto.
